درفاصله سالهای 545 تا 539ق.م یعنی از تصرف سارد تافتح بابل،کوروش چندین حرکت جنگی در دیگر نواحی قلمروی خود انجام داده است.او در این مدت به طور حتم مشغول تحکیم قدرت و ثبات امپراطوری در شرق و جنوب دریای خزر و حدود بلوچستان بوده است. باکتریا (بلخ) ، آراخوزیا ، گدروزیا ، کرمان و مکران از جمله نواحی هستند که بی تردید کوروش حرکت هایی نظامی در آنها انجام داده است.

نزدیک به ده سال از زمان تصرف بابل تا آخرین نبرد و کشته شدن کوروش به طول می انجامد.زندگی این پادشاه بزرگ در این فاصله بسیار مبهم و ناشناخته است.کوروش در حقیقت یکی از بزرگترین و تاثیر گذارترین شخصیت های تاریخی در سرزمین ماست که متاسفانه هنوز آگاهی کافی  و وافی از زندگی واقعی او نداریم.سرگذشت این مرد بزرگ از تولّد تا مرگ چنان در افسانه و حماسه و استوره پیچیده شده است که کشف حقیقت و پی بردن به شخصیت واقعی او را دچار مشکل می کند.کوروش از دید بسیاری مانند یک پیامبر ستایش شده،در حالی که گروهی او را لشکرکشی جاه طلب می دانند که بزرگی بی مانندیش تنها زائیده تخیّلات و میل به قهرمان پروری در ملّتی ضعیف و محتاج قهرمان است.ناروایی ها و بی عدالتی هایی که درمورد شخصیت کوروش می شود بیشتر به دلیل همین کمبود اطّلاعات و تحقیقات جدید و عدم شناساندن چهره واقعی و تاریخی او به جهان توسّط ماست..

این شهر ونواحی اطراف و ظاهراًبا گذاردن کمبوجیه به عنوان نایب السلطنه و شاه بابل،به پارس بر میگردد.اینکه او در مراجعت به کدام یک از پایتخت های سرزمین پارس میرود و اینکه واقعا کدام شهر در درجه اوّل اهمیت از نظر سیاسی بوده است دقیقاً برای ما روشن نیست.آیا باید پاسارگاد را به دلیل وجود کاخ ها  خصوصاًبنای مقبره کوروش و اینکه محل اصلی استقرار قوم پاسارگاد بوده،پایتخت کوروش بدانیم،یا اینکه براساس سنّت مادی،همدان را که پیش از هخامنشیان نیز مرکز حکومت بوده،پایتخت بشناسیم یا اَنشان را که مقر حکمت پدران کوروش بوده به عنوان پایتخت اول هخامنشی معرفی کنیم؟

به هر ترتیب شاید بهتر این باشد که تصور کنیم که کوروش دهه سوم از زندگی خودرا صرف رسیدگی به امور داخلی امپراطور کرده است.او از زمان تسلّطش بر تخت سلطنت تا بازگشت از بابل مرتباً در طول و عرض قلمروی هخامنشی در حال حرکت بوده است و این زمان بی تردید می توانسته فرصت مناسب برای تحکیم قدرت و انجام کارهای اصلاحی و رفاهی باشد.در سال 530ق.م کوروش پادشاه کشوری وسیع و ثروتمند و پرقدرت بود.آثار این قدرت وثروت به طور حتم می بایست در داخل حکومت هم به خوبی دیده شود.گسترش و تجهیز راه ها،رسیدگی به امور نظامیان،تعلیم و تربیت و فراهم آوردن وسایل رفاه ساکنان سرزمین پارس از جمله اموری بوده که در این زمان بی تردید مورد توجه کوروش قرار داشته است.او پس از رسیدگی به این امور و درحال که از غرب امپراطوری آسوده خاطر بوده است،برای سرکوب ماساگت ها که تیره ای از اقوام سکایی بودند و همواره مرزهای شمال شرقی پادشاهی را مورد تاخت و تاز قرار می دادند،راهی این منطقه شد.ماساگت ها گروهی از سکاهای شرقی و آریایی تبار بودند که در آسیای میانه و به شکل قبایل نیمه صحراگرد زندگی میکردند.