در این جنگ پسر ملکه دستگیر شد و چون نمی توانست شکست را بپذیرد،خودکشی کرد.خودکشی این پسر که مورّخان یونانی او را به نام سپارگابیس نامیده اند بر ملکه بسیار گران آمد و در نتیجه با شدّت بسیار به نیروهای پارس حمله کرد.در اثنای این جنگ است که کوروش زخمی شده و در سال 529 در سن 70سالگی جان می سپارد.گفته شده که ملکه تومیرس بعد ازمرگ کوروش برای انتقام مرگ فرزندش،سرکوروش را از بدن جدا کرده و در تشتی از خون انداخت.پیکر کوروش توسط سپاهیانش به پاسارگاد منتقل و در مقبره ای به شکل سیگورات های میانرودان قرار داده شد.

علت عزیمت کوروش به شرق،جنگ او با ماساگت ها و چگونگی کشته شدن پادشاه بزرگ ایران مانند بسیاری از بسیاری از جنبه های زندگی او درپرده ای از ابهام و داستان و افسانه پیچیده شده است.بعضی علّت عزیمت کوروش به شرق را برای دستیابی او به هندوستان می دانند که در این کار موفق شند.بعضی هم معتقدند که کوروش در جنگ با قوم داهه یا دها  که از متحدین هندیان و قومی از سکاها بودند،کشته شد. گروهی نیز جنگ کوروش را با قبیله دربیک های سکایی می دانند.درست است که آگاهی ما نسبت به زندگی واقعی کوروش کافی نیست،اما باید اعتراف کرد که کمتر شخصیتی در تاریخ جهان است که از چنین ستایش و احترامی برخوردار باشد.بابلیان اورا برگزیده خدا و یهودیان تایید شده از جانب خدا و ایرانیان او را پدر خود میدانستند و بعضی از کارشناسان اسلامی هم او را همان ذوالقرنین میدانند که در قرآن از او به نیکی یاد شده است.

گزنفون در کتاب کوروش نامه،او را همچون شهریاری آرمانی و بهترین فرمانروا توصیف می کند.درکتاب عهد عتیق کوروش با لقب �مسیح خداوند�مورد خطاب قرار گرفته و اشعیای نبی درباره او می گویند :�او شبان من است و تمامی مسرت مرا به اتمام خواهد رسانید.�

پیروزی کوروش در جنگ ها،تنها به واسطه طرفندها و حیله های جنگی و شناخت استراتژی و درک نقشه های طرف مقابل نبوده است،آنچه او را بیش از دیگر فرماندهان قدرتمند می ساخت،درک و شناختی است که از سربازانش داشت و ارتباطی بود که با آنان برقرار می کرد.ترس،احترام،عشق و فرمانبرداری توأم سربازان نشانه وجود سرداری حقیقی به عنوان فرمانده بود.کوروش حتّی در دوران پیری همواره مانند سربازی عادی در جلوی سپاه حرکت کرده و بیشتر سربازانش را بانام می شناخت. برخورد او در مواجه با مشکلات و معضلات سیسی و حل این مشکلات به شیوه ای آمرانه از خصایص شاخص کوروش بود.در جریان کشمکش میان نواحی مرزی آسیای صغیرو سوریه،او طرفین را راضی کرد تا صلاح برزمین گذارند و به عنوان یک میانجی و واسطه اجازه دهند تا کنترل استحکامات آنجا را در کنترل داشته باشد و به این ترتیب نیروهای دو طرف  وحتی کشاورزان بدون مزاحمت و آزادانه از مرزهای یکدیگر عبور کنند.این کار موجب شد تا امر بازرگانی و تجارت که در اثر جنگ های بیهوده با خصارت های بسیار همراه بود،برقرار و شهرهای ثروتمند منطقه ارتباط دائمی خود را با یکدیگر فظ کنند.بخشش و مدارای او نسبت به فرمانروایان و ملّت های مغلوب و از جمله رفتار او با سه تن از بزرگترین دشمنانش،کرزوس ، آستیگ و نبونئید نشانه برجسته روح بزرگ و والا و هوشیاری و رأفت اوست.این صفات برتر است که اورا تبدیل به رهبر و جنگجویی بزرگ و فاتحی بخشنده و مهربان می کند.مدارای مذهبی و دینی کوروش از دیگر صفات و. سیست های ممتاز و هوشمندانه این پادشاه بزرگ بود.کمک های او در بازسازی زیارتگاه ها و معابد ادیان مختلف و احترام به عقاید ملت ها،احترام و وابستگی و دوستی متقابل آنان را برای پارسیان به همراه می آورد.

گذشته از این کوروش بانی  و بنیانگذار ایران به عنوان یک کشور و ملّت واحد است.در نظر اروپاییان کوروش همیشه الگوی یک فرمانروای دادگر است.از او در منابع خود به نام Cyrus Maior به معنی �کوزوش بزرگ� یاد می شود.